《果宝特攻3》讲述了菠萝吹雪偶然间穿越到了古代的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果，菠萝吹雪从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的英雄。菠萝吹雪开始修复时光机的旅程，竟然遇到了水果伙伴们的祖先，最后帮助他们打败了火龙果，并顺利回到现代。
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